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16INSB13 - Handicap

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Fiche de poste pour le recrutement par la voie contractuelle
Personnels ingénieurs et techniciens
Politique handicap / Procédure de sélection
____________________________________________________________________
Référence du poste ►16INSB13
Corps ► IR
Emploi-type ►E1E25
BAP ►E
Institut ►INSB
Délégation ►13
Unité d’affectation ►UMR5048
FONCTION ►Expert en calcul scientifique
MISSION ► L’ingénieur conçoit, développe, conduit et anime la plate-forme de modélisation macromoléculaire
pour l'ingénierie protéique. Il œuvre dans le cadre des projets de recherche des utilisateurs et des partenaires
scientifiques, notamment dans le cadre des infrastructures nationales FRISBI et FBI et de la plate-forme IBISA
hébergée au laboratoire (Plate-forme Intégrée de Biophysique et de Biologie Structurale).
ACTIVITES PRINCIPALES
-
Conduire la modélisation des structures de protéines par homologie ou ab initio: recherche de repliements compatibles,
optimisation des alignements séquences-structures ou optimisation des prédictions structurales et des contraintes
topologiques, affinement des modèles.
-
Aider à la conception et à l'optimisation de nouvelles fonctions biologiques par bio-informatique structurale pour
l'ingénierie de protéines.
-
Aider à la conception et à l’analyse statistique des expériences de cartographie par mutagenèse systématique et
séquençage haut-débit pour la détermination des relations séquence-fonction.
-
Participer à la veille méthodologique, à la conception de nouveaux outils, en relation avec les utilisateurs de la
plate-forme de bio-informatique structurale.
-
Participer aux expériences relevant des programmes de recherche du laboratoire.
-
Conseiller, guider et former les utilisateurs du plateau de modélisation macromoléculaire ; les aider dans l’interprétation
de leurs résultats.
-
Participer à l’information, la communication et à la valorisation de la plate-forme.
-
Participer à l'installation et à la maintenance de nouveaux outils, des bases de données bio-informatiques, des librairies
et de l'environnement de développement sur les serveurs.
COMPETENCES
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires ►
-
Connaissance approfondie des mathématiques appliquées, notamment des outils statistiques et des méthodes
d’apprentissage automatique.
-
Analyse de séquences, prédiction des structures de protéines, modélisation macromoléculaire, analyses statistiques, et
éventuellement ingénierie protéique.
-
Maîtrise de l'environnement et des commandes Unix/Linux, serveur web, bases de données et de programmation
(langage : PHP, SQL, R, Perl, HTML).
-
Anglais, compréhension et expression, écrite et orale, niveau 2.
Savoir-faire opérationnels ►
-
Comprendre et analyser le problème scientifique posé. Évaluer et maîtriser le degré d’approximation des méthodes
utilisées.
-
Maîtriser les techniques d’optimisation du calcul scientifique.
-
Identifier les critères de choix des méthodes et des tests de validation adaptés aux problématiques scientifiques.
-
Travailler en interaction avec une ou plusieurs équipes de recherche.
-
Rechercher et sélectionner les informations et les formations pertinentes pour actualiser ses connaissances.
-
Mobiliser une équipe autour d’un projet commun.
-
Transmettre un certain nombre de savoir-faire techniques et méthodologiques en adaptant ses explications au public
concerné.
-
Maîtriser les techniques de communication orales et écrites
-
Maîtriser l’ensemble des méthodologies de la conduite de projet
CONTEXTE ET ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL
Le CBS est un laboratoire de recherches composé de 81 personnes (46 permanents dont 19 IT et 27 chercheurs). L’objectif
fondamental du Centre de Biochimie Structurale consiste à caractériser les mécanismes physiques fondamentaux
sous-tendant la fonction biomoléculaire et, lorsque cela est possible, d’exploiter ces informations dans la conception de
nouvelles stratégies thérapeutiques.
Le développement de la biologie synthétique et de la simulation numérique au laboratoire a généré de nouveaux besoins.
La nouvelle plate-forme de "modélisation macromoléculaire pour l'ingénierie protéique" permettra d'étendre et d'accélérer
l'implantation de la biologie synthétique au CBS et à Montpellier, notamment par l'étude ou la conception de nouveaux
interactants protéiques dans des réseaux ou voies de signalisation. Elle consistera notamment en la mise en place de
suites logicielles pour la modélisation macromoléculaire de protéines ou d'assemblages protéiques, de leur dynamique et de
leurs interactions, dans le cadre de la caractérisation de voies métaboliques ou de signalisation étudiées au laboratoire ou
dans d'autres laboratoires partenaires. Cette thématique est portée par plusieurs équipes du laboratoire. Il s'agira
notamment de combiner les expertises disponibles pour développer une plate-forme de modélisation moléculaire originale
pour la conception rationnelle de nouvelles activités biologiques dans le cadre du développement de la biologie synthétique.
Les équipements, récemment acquis par le laboratoire (analyseur, trieur de cellules à grande vitesse, nouveau cluster
Linux, serveurs INTERNET), doivent permettre à court terme la sélection et l'optimisation de variants fonctionnels par
criblage phénotypique.
L'ingénieur(e) de recherche aura la responsabilité de la modélisation des cibles choisies et de l'analyse des données
fonctionnelles, ainsi que la maintenance des bases de modèles et de séquences attenantes. Comme tous les personnels IT
du CBS, au moins 50% de l'activité de l'ingénieur(e) seront dédiés à des activités plateformes. Il sera affecté à l'équipe
“Biologie synthétique” sous la responsabilité du chef d’équipe, en collaboration étroite avec l’équipe “Structures et Criblage
de Cibles Thérapeutiques et Environnementales”, qui est fortement impliquée dans la plate-forme PIBBS (Plate-forme
Intégrée de Biophysique et de Biologie Structurale affiliée à l'UMS Biocampus).
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